Đồng thời, với vai trò chủ bút tờ tuần báo Lục tỉnh tân văn (lập năm 1907), Trần Chánh Chiếu công khai hô hào duy tân cứu nước, rồi cùng với bạn đồng chí hướng lập Nam Kỳ minh tân công nghệ xã (1908), và nhiều cơ sở kinh tài khác...[3]

Những việc làm của ông được giới điền chủ và giới công chức hưởng ứng nhiệt liệt. Vì vậy, ông bị nhà cầm quyền cử người theo dõi, bị Trần Bá Thọ (làm chức phủ, em ruột Trần Bá Lộc) dòm ngó. Tháng 10 năm 1908 tại Sài Gòn, Trần Chánh Chiếu bị thực dân Pháp bắt giam vì tội có quan hệ với phong trào Đông Du và viết báo chống lại họ. Theo nhà văn Sơn Nam thì có đến 91 người bị bắt trong vụ này [4].

Tuy nhiên, tờ Lục tỉnh tân văn số 50 ra ngày 29 tháng 10 năm 1908 chỉ loan tin đại khái như thế này:

Chủ bút Lục tỉnh tân văn đã bị giam cầm vì tội đại ác. Vậy chủ nhơn kính tỏ cùng tôn bằng quý khách đặng rõ rằng bổn quán thiệt vô cùng không hay không biết những việc Chủ bút (Gibert Chiếu) phản bạn, giao thông với người ngoại quốc. Nhà nước cũng cho bổn quán biết nhà nước chẳng chút nào tin dạ trung nghĩa của Gibert Chiếu, cho nên đã có ra lịnh kiềm thúc thám sát (ông) quá đỗi nhặt nghiêm...[5]

Sau, nhờ chí sĩ Phan Văn Trường ở Paris (Pháp) vận động và Chính phủ Nhật can thiệp[6], tháng 4 năm 1909, ông được thả. Sau đó, ông về Rạch Giá và Mỹ Tho bán hết ruộng đất, phố xá để trả nợ, rồi ở luôn Sài Gòn lập tiệm buôn lấy tiền lời bí mật giúp Phan Bội Châu và Cường Để hoạt động. Năm 1917, ông lại bị tòa án quân sự Sài Gòn bắt giam một lần nữa vì cho ông là người ám trợ Phan Xích Long khởi nghĩa chống Pháp hồi tháng 2 năm 1916. Bị giam một thời gian ông mới được trả tự do.

Ông mất năm 1919 tại Sài Gòn, an táng ở đất thánh họ đạo Tân Định (nay thuộc quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh). Sau khi Gibert Chiếu bị bắt, công cuộc Minh Tân mà ông là người đứng đầu tan rã dần.